La pratique régulière de la méditation assise (za-zen), entraîne de profondes modifications chez ceux qui s'y consacrent sincèrement. Ces “modifications” ne sont pas seulement d'ordre psychologique ou spirituelle, mais également neurophysiologique.
Il faut d'abord bien distinguer deux façons fondamentalement différentes de pratiquer, deux attitudes qui vont entraîner des effets et des résultats tout à fait différents.
1. Être assis aussi confortablement que le permet l'ASANA du lotus, en veillant à se détendre totalement, en relâchant toutes les tensions inutiles. La respiration est seulement observée sans être particulièrement influencée ou dirigée. L' attitude de l'esprit, du mental est par contre très importante voire déterminante pour atteindre certains états à travers des visualisations ou des répétitions intérieures de Mantras.
2. Être assis dans l'attitude traditionnelle du za-zen transmis en veillant à conserver un tonus fort pendant tout le temps que dure la pratique. On doit être assis sur un coussin appelé zafu, épais de quinze à vingt centimètres, ce qui permet de basculer le bassin vers l'avant et donc d'enraciner l'appui des genoux sur le sol. A partir de cette base solide, ont peut étirer souplement la colonne vertébrale vers le haut en poussant le ciel avec la tête, le sol avec les genoux. De plus la cambrure lombaire étant légèrement accentuée par la bascule du bassin vers l'avant, la masse abdominale se trouve dégagée et permet ainsi une respiration ventrale profonde.
L' expiration est volontairement allongée et amenée jusqu'au bout, c'est à dire que l'on vide lentement les poumons le plus complètement possible.
L'inspiration est courte et sans effort car elle vient naturellement par le relâchement du travail d'expiration.
L'attitude de l'esprit découle de la concentration nécessaire au maintient d'une posture forte et d'une respiration profonde.
L'attention est toujours ramenée vers la tension juste de la posture et l'expiration profonde. Par conséquent les rêveries ou les distractions sont naturellement rejetées.